Son aquellos gremios que no estan reconocidos por el consejo magico, son tratadas como organizaciones criminales.

La Alianza de Balam

La Alianza Balam (バラム同盟, Baramu Dōmei) está compuesta por tres de los cuatro germios oscuros más poderosos. A pesar de ser conocida como una alianza, estos gremios no interactuan entre sí, y su "alianza" no es más que un pacto de no agresión. Ellos controlan el mundo de las tinieblas y todos los gremios oscuros, a excepción de Raven Tail, están bajo su dominio. Por el momento la alianza solo cuenta con un gremio, Tártaros, ya que Grimoire Heart y Oración Seis han sido eliminados o disueltos.

Oración Seis

Un gremio oscuro que constaba de tan solo 6 miembros, todos muy poderosos. Este gremio buscaba una magia capaz de intercambiar el bien y el mal llamada "Nirvana". Su maestro era Zero, un mago violento que posee otra personalidad llamada Brain que le ayudaba a controlar su instinto destructivo.

Meta: Encontrar y Controlar la antigua Magia del Nirvana.

Miembros:

• Brain - Maestro
• Midnight
• Angel
• Cobra (Expulsado)
• Racer
• Hoteye (Retiro)

Grimoire Heart

Uno de los tres principales gremios oscuros y un miembro de la Alianza de Balam. Según Levy, se trata del gremio oscuro mas poderoso. Sus integrantes se ven en una aeronave muy grande volando sobre la tierra. Actualmente se encuentran a la caza de las llaves para despertar al legendario mago oscuro Zeref, y parecen haber alcanzado ya todas ellas.

Meta: Localizar y romper el sello de Zeref.

Miembros:

• Hades - Maestro (Muerto)
• Ultear (Deserto)
• Zancrow (Muerto)
• Caprico (Deserto)
• Rustyrose (Activo)
• Kain Hikaru (Activo)
• Meredy (Deserto)
• Azuma (Muerto)
• Yomazu (Activo)
• Kawazu (Activo)

Tartaros

Hasta ahora no se sabe casi nada de ellos, solo se sabe que estaban dentro de la alianza balam por lo que se supone es un gremio poderoso.

Otros Gremios Oscuros

Raven Tail

Forma una "Alianza" con Gajeel para poder espiar a Fairy Tail, pero al parecer Makarov les volteo el juego.

Death's Head Caucus

Colaboraron de cerca con Jellal Fernandes cuando éste se enfrentó con Fairy Tail. Está formado por la alianza de tres poderosos magos conocida como Trinity Raven.

Naked Mummy

Sus maestros son dos hermanos que están bajo la influencia de Oración Seis. Capturaron el gremio de mercaderes de Acalypha, pero fueron derrotados por Lucy. Sus integrantes tienen la apariencia de simios.

Gremios Oscuros Disueltos

Eisenwald

El maestro de este gremio es Erigor alias 'Shinigami' o "Dios de la muerte". En la historia de la serie tiene importancia porque este gremio planeó conseguir el conjuro de la flauta Lullaby para matar a los maestros de los gremios durante una reunión y vengarse así del veto a los gremios oscuros.